准备工作

1、项目名称

PRJNA1176520

2、SRA Toolkit的使用

① 安装

conda install sra-tools -y

② 使用

prefetch --option-file srr.txt #.txt文件是所有想要下载的SRA accession
fastq-dump --gzip -O $PWD --split-3 */*.sra #把所有.sra文件转变成.fastq文件并压缩

数据处理（定量）

1.Nanplot

对长读长测序和比对数据的统计报告进行可视化。

每一份统计reads的平均质量值，平均质量值Q10以上，即为合格。

GitHub - wdecoster/NanoPlot：为长读长测序数据绘制脚本

① 安装

conda install -c bioconda nanoplot

② 使用

NanoPlot -t 24 --N50 --dpi 300 \\
--fastq SRR31092732.fastq.gz \\
--title SRR31092732 \\
-o SRR31092732_NanoPlot

2、pychopper

用于识别、定向和修剪全长 Nanopore cDNA 读数的工具。该工具还能够分开融合的reads。